e-Fatura Uygulaması, tanımlanan standartlara uygun e-Faturaların, tarafları arasında güvenli ve sağlıklı bir biçimde dolaşımını sağlamak amacı ile oluşturulan uygulamaların genel adıdır. e-Fatura düzenlemek isteyen mükellefler, yalnızca sistemde tanımlı olan alıcılara fatura düzenleyebilir. Aynı şekilde e-fatura almak isteyen mükellefler de yalnızca uygulama üzerinden fatura düzenleyen mükelleflerden fatura alabilirler. Dolayısıyla, fatura düzenlemek veya fatura almak isteyen mükelleflerin karşılıklı olarak sistemde tanımlı olmaları gerekmektedir.

e-Fatura Uygulamasından yararlanan kullanıcılar;
• Sistemde kayıtlı kullanıcılara e-Fatura gönderebilir,
• Sistemde kayııtlı kullanıcılardan e-Fatura alabilir,
• Gönderilen veya alınan e-Faturalarını bilgisayarlarına indirerek elektronik ortamda muhafaza ve istendiğinde ibraz edebilirler.

1.3. Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği (Sıra No: 397)
397 Sıra No’lu Vergi Usul Kanunu Genel Tebliğin yayımı ile birlikte Elektronik Fatura Uygulaması (e-Fatura Uygulaması) hizmete alınmış bulunmaktadır. e-Fatura, yeni bir belge türü olmayıp, kağıt fatura ile aynı hukuki niteliklere sahiptir. Mal veya hizmet satışı dolayısıyla fatura düzenlemek zorunda olan mükellefler, genel hükümler çerçevesinde kağıt fatura düzenleyebilecekleri gibi bu tebliğde yer alan şartlar çerçevesinde e-Fatura da düzenleyebilirler. Aynı mal veya hizmet satışı işleminde hem kağıt faturanın, hem de elektronik faturanın bir arada düzenlenmesi mümkün değildir. Müşterinin talep etmesi durumunda ise genel hükümler çerçevesinde sadece kağıt fatura verilmesi zorunludur. e-Fatura uygulamasının sağlıklı bir biçimde gelişimini sağlamak amacı ile Başkanlık, uygulamanın kademeli bir biçimde yaygınlaştırılmasını planlamaktadır. Bu bakımdan başlangıç olarak, sadece anonim ve limited şirket statüsündeki mükelleflerin uygulama kapsamında e-Fatura gönderme ve/veya almasına izin verilmesi uygun görülmüştür. Gerçek kişilerin ise e-Fatura uygulaması bünyesinde e-Fatura göndermeleri ve almaları (Tebliğin 8’inci bölümünde yer alan istisna hariç olmak üzere) mümkün bulunmamaktadır.

1.4. Roller
• Gönderici Birim : Standarda uygun olarak oluşturulan elektronik fatura mesajlarının uygulama üzerinden veri aktarım protokolüne uygun olarak ilgili alıcı birime gönderilmesini sağlar.
• Alıcı Birim (Posta Kutusu): Kullanıcıların kendilerine gönderilen e-fatura mesajlarını, uygulama üzerinden veri aktarım protokolüne uygun olarak almalarını sağlar.
• Merkez (GİB) : Faturaların elektronik belge olarak düzenlenmesi, elektronik olarak imzalanması veya Mali Mühür ile onaylanması, saklanması, iletilmesi ile fatura bilgilerinin veri standartları ve formatına uygun biçimde aktarılması ve muhatabı tarafından alınmasına ilişkin belirlenen usul ve esasları uygular ve denetler.